脳神経外科、術中皮質下ナビゲーション支援ソフトウェア”vo2anlz”ダウンロード

ダウンロード前にかならずお読みください (English Download Page

本ソフトウェアは「dTVで作成され、volume-oneのファイルとして保存された拡散トラクトグラフィ」を手術用ナビゲーションのワークステーションで読み込めるようにアナライズフォーマット化するものです。当院脳神経外科のアイデアをもとに静岡大学工学部作左部太也助教授にプログラムを書いていただき実現しました。

前提としてトラクトはvolume-oneのファイルとしてカラーボクセルで保存されている必要があります。vo2anlzは上記ファイルをアナライズフォーマットに変換し、カラーの入ったボクセルを完全なホワイトボクセルとして表示します。

このソフトウェアを用いた、あるいはダウンロードしたことによるいかなる結果についても当院は一切責任を負いません。本ソフトウェアによって得られたデータを臨床に応用して診断や治療の参考とするかどうかはすべて主治医独自の責任において判断されるものであり、当院は臨床に応用することについては一切関知しません。また当然その結果については何ら保証しませんし一切の責任を負いません。さらに後述の説明文書を充分お読みの上、承諾いただければダウンロードしてください。

vo2anlz 使用許諾

1.著作権

本ソフトウェアはオープンソースのフリーウェアです。ソースコードはソフトウェアに含まれます。

2.無保証

本ソフトウェアは、利用者に現状のまま提供されるものであり、エラーを含み得るものです。聖隷浜松病院脳神経外科及び作者は、利用者に対し、いかなる性質の保証責任、その他の義務、責任も負いません。

聖隷浜松病院脳神経外科及び作者は、利用者が本ソフトウェアにより得ることのできる動作または結果について一切保証せず、また保証することができません。聖隷浜松病院脳神経外科及び作者は、本ソフトウェアに関する第三者の権利の非侵害、商品性、および特定目的への適合性について、明示たると黙示たるとを問わず、一切保証しません。聖隷浜松病院脳神経外科及び作者は、利用者に対し、間接被害、特別損害(逸失利益および資産の喪失を含む)その他一切の損害について、それらの損害の発生、または第三者からの請求の可能性について通告を受けていた場合であっても、いかなる賠償責任も負いません。

3.利用目的

本ソフトウェアの利用目的は原則として学術研究のみとします。臨床応用についてはナビゲーションの際に有用である場合が想定される一方でリスクも生じる可能性があります。このような目的の利用はメリットとリスクを冷静かつ公平に評価できる主治医もしくは主治医グループの独自の判断で行われるものであり、聖隷浜松病院脳神経外科及び作者の関知しないところで行われるものです。

4.利用結果の公表・公開

本ソフトウェアによって得られた成果の公表・公開に関してはおおむね以下のような文章を付記してください。

「トラクトグラフィのアナライズフォーマット化には聖隷浜松病院脳神経外科で公開されているフリーウェアのvo2anlzを使用した。」

5.お問い合わせ

申し訳ありませんが本ソフトウェアに関しての情報はダウンロードのページにあるものがすべてです。それ以外のお問い合わせは受け付けていません。

6.謝辞

当院脳神経外科はdTVを公開されている東大放射線科の増谷佳孝先生、青木茂樹先生、およびLGPL準拠のフリーウェアとしてVolume-Oneを公開されている開発者グループの諸先生に心からの深い謝意をここに表します。

7.

2006/7/29に福岡で開催された第6回日本脳神経外科術中画像研究会で青木茂樹先生よりおおむね以下のようなアドバイスをいただきましたので皆様にもお知らせします。「T2強調のEPI画像に重ね合わせたトラクトグラフィは、もともとのT2画像そのものがナビゲーションに使用するT1強調画像とは完全には一致しない歪んだ画像です。その点を充分知った上で重ね合わせた画像を使用すべきと思います。」

もともとMRIはT1強調画像でもスライス選択磁場や傾斜磁場、位相付加磁場が正確に出ていなければ画像は歪んでいるものです。EPI画像はさらに静磁場の不均一性の影響を強く受けますので当然ある程度の歪みがあります。当然のことですがこの点には充分にご留意ください。ほとんどの方はご存知と思いますが、念のために青木先生のご許可を得てここに掲載させていただきました。


インストール

本ソフトウェアにはJAVA1.5がインストールされていることが必要です。

http://java.sun.com/j2se/1.5.0/ja/download.html
からJRE のダウンロードを行ってください。

起動

コマンドプロンプト(windowsならスタートメニュー→アクセサリ→コマンドプロンプト)を起動して、vo2anlz.jar やデータのあるディレクトリに移動して、

java -jar vo2anlz.jar -s 0.975 aaaa bbbb
と打ってリターンキイを押してください。この結果としてbbbb.imgとbbbb.hdrの2個のファイルができます。

0.975はvolume-oneで作成したtractographyのボクセルサイズ(mm)です。当院では240mmのFOVでz方向120mmの撮像範囲で撮影しています。Tractographyをvolume-oneで保存するとこれが256×256×128となり、一辺が0.975mmの正立方体ボクセルとなりますので、当院では0.975を入れます。ここはそれぞれの施設に合った数値を入れてください。

aaaaはvolume-oneでsaveしたtractographyのファイルネームです。

bbbbはアナライズフォーマットとなるファイルネームです。

ステルスに対応するために以下のアウトプットオプションが出来ました。

output pixel options
-8 8-bits unsigned (default)
-8s 8-bits signed(8bit符号付にする)
-7 7-bits (7bit化する)

ステルスの場合には-8sか-7を入れて見やすい方をお使い下さい。

具体的には

java -jar vo2anlz.jar -s 0.975 -8s aaaa bbbb

あるいは

java -jar vo2anlz.jar -s 0.975 -7 aaaa bbbb

のように入力してリターンキィを押してください。

FAQ

ナビゲーションの対応機種はどうですか?
→アナライズフォーマットが読み込めるものであれば対応可能です。現在はBrainLAB社製のvectorVISIONで使用可能です。
ソファモアのステルスには対応してますか?
上記のように対応しました。
ストライカー社のもので読み込めますか?
→アナライズフォーマット読み込み未対応ということで現時点では不可能です。
ダウンロードしたファイル名がvo2anlz.zipとなって、これを解凍しても実行可能なファイルが見つからない。
→このファイルはzipで圧縮されたファイルではありません。おそらくwindowsかIEの設定の問題で、ダウンロードの際に拡張子がjarからzipへ書き換えられてしまっただけです。ダウンロード後にファイル名をvo2anlz.zipからvo2anlz.jarへ変更すれば問題ありません。

 

最終更新日 2006.08.03