労働安全衛生法では、健康診断の実施など労働者の安全衛生確保のための措置義務を負うのは、原則として、その労働者を雇用する事業場です。
派遣の労働形態の場合、派遣労働者と派遣先事業主は指揮命令関係にありますが、雇用関係はありません。派遣労働者の雇用主は派遣元事業主になりますので、労働安全衛生法の原則にたてば、派遣先の事業主は、派遣労働者については、安全衛生確保のための措置義務は負わないでよいことになります。

したがって、労働者派遣法では、派遣労働者の保護を図るための特例措置が設けられており、安全衛生の確保に関する責任について、派遣労働者と雇用関係がある派遣元事業主が責任を負うことを基本とし、事項によって、派遣元のみが責任を負うもの、派遣先のみが責任を負うもの、派遣元と派遣先の双方が責任を負うものとに区分されています。

健康診断のうち、一般健康診断と特殊健康診断では、それぞれ責任の分担が異なっています。
雇入れ時や定期健康診断などの一般健康診断については、雇用期間中、定まった事業主のもとで行われ、結果の管理なども同一の事業主が行うことが望ましいことから、派遣元事業主のみに健康診断実施義務が課されています。

なお、一般健康診断の結果に基づく、就業場所の変更、作業の転換、労働時間の短縮、深夜業の回数の減少などの措置の実施は、派遣元、派遣先双方の事業主に実施義務が課されています。
一方、特殊健康診断の目的は、指定された有害業務に従事する労働者の健康状態をチェックするとともに、事業場の労働衛生管理に役立てることを目的としたもので、派遣先で従事する当該有害業務の遂行と密接な関係があります。そのため、特殊健康診断については、派遣先事業主に実施義務が課されています。

なお、常時使用する労働者が外国人の場合、「外国人労働者の雇用管理の改善などに関して事業主が適切に対処するための指針」（平成19年8月3日厚生労働省告示第276号）により、健康診断の実施、結果の通知、事後措置の実施について、当該外国人労働者が理解できる方法により説明するよう努めるものとされています。