法令に基づく健康診断の実施は事業者の義務ですから、実施の費用は、事業場が負担することになります。
ただし、健康診断の受診時間については、昭和47年9月18日付け基発第602号では、「労働者一般に対して行われる、いわゆる一般健康診断は、一般的な健康の確保をはかることを目的として事業者にその実施義務を課したものであり、業務遂行との関連において行われるものではないので、その受診に要した時間については、当然には事業者の負担すべきものではない」が、他方「特定の有害な業務に従事する労働者について行われる健康診断、いわゆる特殊健康診断は、事業の遂行にからんで当然実施されなければならない性格のものであり」、その「実施に要する時間は労働時間と解される」とされています。

一般健康診断の受診に要する時間の賃金については、労使間で協議して定めるものですが、労働者の健康の確保は、事業の円滑な運営に不可欠な条件であることを考えますと、その受診に要した時間の賃金を事業者が支払うことが望ましいとする旧労働省の行政解釈があります。実際、健康診断受診中の賃金は支払わないとする事業場は見たことも聞いたこともありません。

一方、労働安全衛生法施行令第22条に掲げられている特定の有害な業務を対象とする特殊健康診断は、業務の遂行にからんで当然に実施されなければならないものでありますので、所定労働時間内に行われるのを原則とします。また、特殊健康診断の実施に要する時間は労働時間と解されますので、これが時間外に行われた場合は、当然割増賃金を払わなければなりません。