短時間労働者（パートタイマー）などに対する健康診断の実施については、「事業主が講ずべき短時間労働者の雇用管理の改善などのための措置に関する指針」）において、「事業主は、常時使用するパートタイム労働者に対し、労働安全衛生法の定めるところにより、健康診断を実施する」旨が定められています。

平成19年10月1日付け基発1001016号「短時間労働者の雇用管理の改善等に関する法律の施行について」の中で、具体的な労働者の範囲などが示されています。健康診断については、短時間労働者が「常時使用する者」に該当する場合には、労働安全衛生法第66条に基づき、健康診断を実施する必要がある旨確認的に明記されています。

この場合において、事業主が同法の一般健康診断を行うべき「常時使用する短時間労働者」とは、次の①および②のいずれの要件をも満たす者です。
① 期間の定めのない労働契約により使用される者であること。
② その者の1週間の労働時間数が当該事業場において同種の業務に従事する通常の労働者の一週間の所定労働時間数の4分の3以上であること。

なお、１週間の労働時間数が当該事業場において同種の業務に従事する通常の労働者の１週間の所定労働時間数の4分の3未満である短時間労働者であっても上記の①の要件に該当し、１週間の労働時間数が、当該事業場において同種の業務に従事する通常の労働者の１週間の所定労働時間数の概ね2分の1以上である者に対しても一般健康診断を実施することが望ましいとされています。